一六二八年四月三日,祟禎皇帝正式授予袁祟煥兵部尚書兼都察院副都御史,督師薊、遼、登、萊、天津軍務,過往明代官制,文官領兵職銜最高官階便是督師,這必須是朝中大學士才有機會獲登這職銜,袁祟煥過往既不是大學士,也不是尚書,卻得到破格升官,只因為東林黨內閣刻意推薦自己人,也因為袁祟煥過往曾經有與後金作戰經驗。

七月十四日,祟禎與群臣及袁祟煥會面,祟禎對袁祟煥「慰勞甚至」後問及:「邊事何日可定。」袁祟煥慷慨激昂答道:「臣期五年,肅清邊陲。」祟祺大悅:「五年滅敵,當不吝封侯之賞。」當時在旁的東林黨輔臣錢龍錫說道:「袁祟煥勇、謀兼備,奇男子也。」祟禎聽完大喜,這次雙方會面甚歡,袁祟煥也要求祟禎能夠無限量支持他,要錢有錢要人有人。當午宴完結後,事中許譽卿請教袁祟煥所謂五年平遼的具體方案,有沒有時間表及路線圖,袁祟煥答:「上期望甚迫,故以五年慰聖心耳。」

早前遼左之役,明朝兩支最精悅的步兵團,秦良玉的川兵及戚繼光的浙兵亦被八旗騎兵所擊敗。其實袁祟煥心知肚明,要在戰場上戰勝當時被喻為世界上最強的騎兵團是不可能,五年平遼本來就是癡人說夢,但聖上還只一位滿腔熱血的年青人,像熊廷弼那種三方布置方略或徹底放棄遼東所有據點堅野壁清對年青人來說太深奧了,所以熊廷弼才會被彈劾下台,還是說一些空洞沒內容的口號比較好。既然戰無可戰,唯有和後金洽談和議,畢竟某些面帶模糊政治人也愛好又傾又砌這一套。

既然要議和,自然要了解朝中那些是真勇武戰金派,那些是不排除合作派,袁祟煥派出參將張定在兵部進行遊說工作,卻遭到兵部尚書王在晉訓斥,王在晉這人「甚惡『和』字。」認為女真可以投降我大明,歸還略奪的人口、土地及叛臣,除此之外沒甚麼好談。還有一人是武舉人出身官至左軍都督駐東江的毛文龍,此人家族三百餘口盡亡於後金手上,血海深仇,要他與後金一起展示合作的可能性也是絕不可能。這一王一毛成為議和的最大障礙。

凡要拉倒一些人,首先就要由耳語蜚短流長開始,打擊這些人在公眾的形象,王在晉本來在朝中就樹敵太多(主要是東林黨人),袁祟煥先私信東林內閣:「要邊上做事先易本兵」(意思是要換掉王在晉,放置東林黨人上去),然後又派廣西道御史吳玉借張慶臻一事參王在晉拉他下台。至於毛文龍的情況比王在晉難拉倒,他既擁兵數萬遠在敵後,與後金作戰屢立戰功,收復了不少領土,在天啟年間後金皇太極包圍袁祟煥所在的錦州,幸得毛文龍不計前嫌偷襲後金昌城及遼陽解錦州之圍,當時袁祟煥曾親書表揚毛文龍:「知毛文龍襲遼陽,旋兵相應,若非毛帥攪虛,錦寧又受敵矣。……數年牽敵之功,此為最烈。」(《三朝遼事紀實》卷十八、《兩朝從信錄》卷三十一)

然而袁祟煥讀書人不愧讀書人,我寫信表揚他的功績,不代表認同他的功積,他找來一班東林打手,每天在朝中刻意貶低毛文龍在東江鎮的作用,甚至不斷流傳毛文龍收了金錢的誹謗,以種種行政手段令東江鎮的明軍缺餉缺糧,餓死不計其數,減低他的影響力,也當作是向後金的示好手段。毛文龍這個人直腸直肚,他當然洞悉袁祟煥的意圖,曾書信妻子:「外有強敵內有公卿,必死不久。」又曾上奏:「……實是文臣誤國非臣誤國。諸臣獨計除臣,不計除奴,將江山而快私忿,操戈矛於同室。」最終袁祟煥假傳皇上聖諭處決毛文龍,東江鎮軍團解散,有不少投向後金,後金無後顧之憂,從此多次自薊門入關。

在袁祟煥私斬毛文龍之前,蒙古及後金發生飢荒,袁祟煥認為是雙方和談的有利時機,先釋出善意在蒙古設立互市,將軍隊用的儲糧賤賣給蒙古,再透過蒙古給予後金,後金果然也希望進行和議,兩者書信不斷,這些書信內容都記錄在女真人的《滿文老檔》內,甚至雙方具體的疆界劃分也有討論過。過往漢與匈奴、宋與遼國也有和議的先例,只是這都是國家最高領導人的決定,袁祟煥一心透過和議換取和平的想法,並不代表領導層的意願,此時朝中不少大臣甚至是祟禎認為賤賣糧食的行為不妥,既然死敵已經天災連連,現在卻展示大愛包容資敵,那麼置早前陣亡前線的將士及被屠殺的百姓於何地。由於釋出善意的糧食所耗甚巨,除了要求中央撥出更多糧食應急外,還精簡了薊州的軍隊編制,及後女真族經薊門入侵北京,資款通敵成為袁祟煥被處決的罪名之一。

後金騎兵初次入關京師大震,袁祟煥聞訊揮軍入關勤王,各地部隊也陸續趕至,原本袁祟煥以性命擔保,將清軍拒於薊門一帶,不會讓後金接近京城,只是他一直與後金部隊對峙,甚至將各地援軍分散,其佈防佈置圖送回京城後,引來不少非議。最終兩軍在沒有血戰的情況下,後金騎兵繞過袁祟煥直指北京,袁祟煥後知後覺直奔京城佈防,本來京城才剛收到袁祟煥的性命保證後金軍無法接近北京的奏摺,同一時間後金已攻破只距京城三十里外的通州,當時除了東林黨外全城上下嘩然。

對於袁祟煥種種行徑,崇禎對他的不滿早已爆發出來,過往祟禎滿足袁祟煥一切需求,真是要錢有錢要人有人的地步,然而未曾收復一吋領土,卻斬殺同路人,私下與敵議和,賤賣糧食接濟敵人,後金入關後作戰不力。在敵軍還沒撤退時,他召袁祟煥入城,立即詢問他:「前殺毛文龍,今逗留何也。」(逗留意指為何不盡力作戰)袁祟煥一時語塞不能答,祟禎即命左右將他扣押,當時在場的東閣大學士成基命勸阻,認為陣前換帥的決定太過情緒化,但作為一個滿腔熱血的年青人崇禎來說實在對袁祟煥太失望,想當初被袁祟煥豪言壯語五年平遼,弄得自己晚晚J到出血,想不到你居然位已上理撚得你,跑去跟敵人議和,祟禎當時只是回答:「勢已至此,不得不然。」

袁祟煥下獄,當然也不少人為他抱不評,他縱使有種種不是,但絕不像祟禎所言通敵賣國,就像毛文龍也絕無與後金通款之理一樣,當時祖大壽怕被牽連受罪,帶寧遠騎兵逃出關外,兵部希望袁祟煥修書請祖大壽回京協防,袁祟煥就是不肯,兵部余大成斥責他:「……臣子之義,生殺惟君,苟利於國,不惜髮膚。」袁祟煥始肯修書召回祖大壽回京。後金撤軍後,朝廷為袁祟煥功過展開爭論,最終祟禎以磔刑處決袁祟煥,北京城上下百姓無不拍手稱快,若干年後,在文人努力渲染下,光環還是落在袁祟煥身上。